В письме от 01.07.2015 № 03-04-06/38078 Минфин ответил на вопрос о налогообложении сумм купонного дохода по ценным бумагам, приобретенным на средства, учитываемые на индивидуальном инвестиционном счете налогоплательщика - физлица.

Налогоплательщик имеет право на получение инвестиционного налогового вычета в сумме доходов, полученных по операциям, учитываемым на индивидуальном инвестиционном счете. К доходам от таких операций, в частности, могут быть отнесены доходы от операций с ценными бумагами, учитываемыми на индивидуальном инвестиционном счете.

Согласно пункту 7 статьи 214.1 НК доходы в виде процента (купона, дисконта), полученные в налоговом периоде по ценным бумагам, включаются в доходы по операциям с ценными бумагами.

Инвестиционный налоговый вычет предоставляется по окончании договора на ведение индивидуального инвестиционного счета при условии истечения не менее трех лет с даты заключения налогоплательщиком договора на ведение такого счета.

До истечения указанного срока налоговая база по операциям с ценными бумагами, в том числе учитываемыми на индивидуальном инвестиционном счете, определяется в общем порядке, а сумма НДФЛ по таким операциям исчисляется и уплачивается налоговым агентом в соответствии со статьей 226.1 НК.