В письме от 18 апреля 2014 г. N 03-04-06/18016 Минфин напомнил о том, что по выплате доходов по ценным бумагам, выпущенным российскими организациями, налоговым агентом теперь признается депозитарий.

Ведомство разъяснило, что профессиональный участник рынка ценных бумаг может осуществлять одновременно как депозитарную, так и брокерскую деятельность. В рамках депозитарной деятельности депозитарий открывает специальный депозитарный счет в банке для учета денежных средств депонентов, в том числе для зачисления доходов по операциям с ценными бумагами физических лиц, заключивших договоры с депозитарием, и специальный брокерский счет в рамках брокерской деятельности. При этом денежные средства клиентов со счета депозитария могут перечисляться на специальный брокерский счет для совершения операций в рамках договора на брокерское обслуживание клиентов.

Под выплатой денежных средств налоговым агентом налогоплательщику понимается в том числе и их перечисление на банковский счет налогоплательщика или на счет третьего лица по требованию налогоплательщика.

Так что депозитарий, выполняя функции налогового агента, должен исчислить и удержать НДФЛ при выплате доходов независимо от того, перечисляются ли денежные средства (поступившие на специальный счет депозитария) на банковский счет клиента или по его распоряжению на специальный брокерский счет налогового агента (депозитария).