Если работник, которого организация направляет в командировку в обособленное подразделение, не является работником этого подразделения, НДФЛ нужно перечислить в бюджет по месту нахождения организации. Об этом говорится вписьме ФНС России от 15.05.14 № СА-4-14/9323.

Организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять НДФЛ в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения. Сумма налога, которую нужно уплатить по месту подразделения, определяется исходя из суммы дохода, выплачиваемого работникам обособленных подразделений. Таким образом, в ситуации, когда работник головного офиса, направленный в командировку в обособленное подразделение, продолжает числиться работником головного офиса налог за работника нужно уплатить по месту головного офиса.