Проверяющими было установлено, что доля дохода кооператива от реализации сельхозпродукции составила в проверяемый период менее 70%, поэтому он утратил право на применение ЕСХН. По результатам выездной проверки налогоплательщику было предложено уплатить налоги по обычной системе налогообложения (налог на прибыль, НДС, налог на имущество, ЕСН), соответствующие пени и штрафы.

Кооператив подал иск в суд. Суд удовлетворил иск частично: были снижены суммы доначисленных налогов, штрафов и пеней, так как сумма доходов налогоплательщика за проверяемый период была скорректирована в меньшую сторону.

С учетом решения арбитража кооператив подал уточненную налоговую декларацию по ЕСХН: сумма дохода за спорный период была уменьшена. Доля дохода от реализации сельхозпродукции составила более 70%. Инспекция, проводя камеральную проверку этой декларации, руководствуясь пунктом 3 статьи 88 «Камеральная налоговая проверка» НК, запросила пояснения по заполнению уточненной декларации. Пояснения кооператив предоставил.

Параллельно кооператив обратился в суд с иском отменить решение ИФНС по начислению налогов по общей системе налогообложения в полном объеме (дело № А68-5363/2013) и выиграл дело во всех трех инстанциях.

Судами установлено, что акт по камеральной проверке уточненной налоговой декларации по ЕСХН налоговый орган не составлял. Таким образом, в силу пункта 1 статьи 100 НК «Оформление результатов налоговой проверки» суды сделали вывод о том, что правонарушений по исчислению кооперативом ЕСХН за спорный период отсутствуют, факт наличия у него права на применение этой системы налогообложения инспекцией не опровергнут. Поэтому у ИФНС отсутствуют основания для взыскания налогов по общей системе.