В письме от 13 января 2014 г. N 03-04-06/360 Минфин сообщил о том, что аванс, полученный физлицом по гражданско-правовому договору (ГПД), включается в доходы этого физлица данного налогового периода независимо от того, в каком периоде соответствующие работы (услуги) были выполнены (оказаны) налогоплательщиком.
При этом выплаты физлицам по ГПД не входят в список исключений, при которых источник выплаты дохода физлицу не является налоговым агентом (некоторые операции с ценными бумагами, список которых был изменен законом от 02.11.2013 N 306-ФЗ, выплата доходов ИП и нотариусам, получение физлицами доходов от продажи имущества и некоторые другие случаи).
Таким образом, организация - источник выплаты по ГПД признается налоговым агентом и обязана исчислять налог, удерживать его из доходов, выплачиваемых налогоплательщику, и перечислять в бюджет в установленном порядке. То есть обязана удержать НДФЛ непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате.
