Уведомлять налоговый орган об этом не надо.

Организация обнаружила излишнее удержание НДФЛ по одному из работников, о чем ему сообщила. В своем запросе в Минфин фирма спросила: возможен ли возврат работнику на основании его заявления излишне удержанной суммы НДФЛ за счет сумм этого налога, подлежащих перечислению в бюджет в счет предстоящих платежей текущего года по иным налогоплательщикам, с доходов которых налоговый агент производит удержание НДФЛ?

В письме от 18.10.13 № 03-04-06/43608 ведомство указало, что такая возможность прямо предусмотрена НК.

Минфин отметил также, что уведомление налогового органа о произведенном возврате излишне удержанной суммы налога НК не предусмотрено.