В письме от 01.03.2013 N 03-07-09/6141 Минфин рассказал, кто должен являться налоговым агентом иностранной организации по НДС, если ее услуги приобретает одна российская организация от своего имени, но по поручению и за счет другой (тоже российской).

Если бы услуги приобретались напрямую, то налоговым агентом являлся бы покупатель. В указанной же ситуации Минфин "назначил" налоговым агентом российскую-организацию, являющуюся агентом, действующим по поручению принципала.

При этом, поскольку фактическим покупателем является принципал, выплаченные налоговым агентом (и просто агентом) суммы НДС подлежат вычету у принципала. Для этого российская организация - агент выставляет российской организации - принципалу счета-фактуры с отражением показателей счетов-фактур, составленных ею в качестве налогового агента, в порядке, предусмотренном п. 1 "Правил заполнения счета-фактуры, применяемого при расчетах по НДС" в отношении агентов, приобретающих товары (работы, услуги), имущественные права от своего имени.