Организация обязана вести раздельный учет сумм НДС по приобретенным товарам (работам, услугам, основным средствам, нематериальным активам и имущественным правам) даже в том случае, если доходы и расходы по деятельности, не облагаемой этим налогом, составляют более 95 процентов от всех доходов и расходов. Такое мнение высказал Минфин России в письме от 03.08.09 № 03-07-07/60.

Обязанность организаций вести раздельный учет сумм НДС по приобретенным товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам, используемым для осуществления как облагаемых налогом, так и не подлежащих налогообложению операций, закреплена в пункте 4 статьи 170 Налогового кодекса. При этом нет никаких поблажек или исключений для тех компаний, у которых доходы и расходы по необлагаемым НДС хозяйственным операциям составляют «львиную долю» всех доходов и расходов.

В упомянутом письме чиновники Минфина попутно обращают внимание и на то, что если налогоплательщик отойдет от этого правила, и не будет вести раздельный учет НДС, то он не сможет поставить к вычету предъявленные ему суммы НДС, а также не сможет списать эти суммы в расходы при исчислении налога на прибыль. Соответствующее правило прописано в абзаце восьмом пункта 4 статьи 170 Налогового кодекса.