Письмом от 11.05.2018 N БС-4-11/9010 ФНС разослала письмо Минфина от 24.04.2018 N 03-04-07/28016 об определении налоговой базы по НДФЛ, если продана часть доли в уставном капитале ООО, доля ранее приобреталась по частям, и документы на оплату есть не по всем этим частям.

Согласно абзацу второму подпункта 2 пункта 2 статьи 220 НК при продаже такой доли (ее части) можно уменьшить сумму облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этих имущественных прав.

В случае приобретения доли частями по отдельным договорам по каждому такому договору должны иметься документы, подтверждающие фактически произведенные расходы. Если нет документов по какому-либо из указанных договоров, то в качестве фактически произведенных расходов по приобретению всей доли будут учитываться только расходы по приобретению части доли, в отношении которой имеются документы.

При продаже части доли, принадлежащей налогоплательщику, расходы на ее приобретение учитываются пропорционально уменьшению доли такого налогоплательщика в уставном капитале.

Так что при продаже части доли, приобретение которой происходило по частям и при этом подтверждены не все расходы, учет расходов, относящихся к проданной части доли, производится исходя из подтвержденной части расходов, принимаемой в качестве расходов на приобретение всей доли.