В июле 2014 года по результатам камеральной проверки декларации по НДС за 4 квартал 2013 года инспекция доначислила компании налог, пени и штраф. В ноябре УФНС отменило решение, сославшись на недоказанность правонарушения.

В порядке контроля за деятельностью управления в декабре 2015 года ФНС отменила решение управления и оставила в силе решение инспекции. Основанием этого явились уголовные дела, возбужденные по результатам проверок.

При обращении в суд компания указала на законодательную неопределенность порядка отмены вышестоящим налоговым органом решений нижестоящих органов при отсутствии жалоб налогоплательщиков.

Суды трех инстанций (дело № А40-101850/2016) отказали в удовлетворении иска, разъяснив, что ФНС вправе контролировать управления и инспекции не только при проведении проверок, но и в порядке подчиненности (пункт 3 статьи 31 НК). В связи с этим ФНС вправе отменить решение управления без жалобы налогоплательщика. При этом налогоплательщик, считая свои права отменой решения нарушенными, вправе обратиться в суд, который должен проверить обоснованность решения ФНС.

Судебная коллегия по экономическим спорам ВС оставила в силе решение судов. При этом судьи ВС уточнили, что полномочия вышестоящих налоговых органов не могут быть неограниченными во времени, по меньшей мере, сроком исковой давности. В определении ВС № 305-КГ17-5672 от 31.10.2017 указано: «вышестоящий налоговый орган вправе реализовать полномочия, установленные пунктом 3 статьи 31 Налогового кодекса в пределах срока, предусмотренного для проведения мероприятий налогового контроля, а именно в пределах трех лет, исчисляемых с момента окончания контролируемого налогового периода».