ИФНС вынесла решение о выездной проверке ООО и направила требование о представлении документов. Оно не выполнено. Налогоплательщик не предоставил место для работы проверяющих, так что проверка проводилась по месту нахождения ИФНС.

По результатам проверки были доначислены налог на прибыль, НДС, пени и штрафы. Обязательства налогоплательщика определены расчетным путем. Поскольку информация об аналогичных налогоплательщиках отсутствовала, инспекция исчислила налоги на основании документов, полученных ранее, а также документов, полученных при проведении контроля. Были учтены данные информационных ресурсов ФНС, выписки банков, информация, полученная от контрагентов и при допросах свидетелей. Направлены запросы в ГИБДД о представлении копий документов владельцев транспортных средств, реализованных ООО, запросы в управление ПФ о перечне физлиц, на которых подавались сведения по страховым взносам. Возражений на акт проверки компания не представила.

При обращении в суд компания указывает на недостоверное определение действительных налоговых обязательств – не учтено наличие кредитных отношений с банком, не направлены запросы ряду контрагентов, не учтены сведения о наличии сделки купли-продажи объекта незавершенного строительства, не учтены арендные платежи. Кроме того, компания указывает на "задвоение" дохода, полученного в результате реализации транспортных средств, что подтверждается свидетельскими показаниями покупателей.

Суды трех инстанций (дело № А07-17479/2015) признали законным решение инспекции, указав на пункт 12 статьи 89 НК – налогоплательщик обязан обеспечить возможность должностным лицам инспекции ознакомиться с необходимыми документами. Согласно пункту 1 статьи 31 НК в случае непредставления в течение двух месяцев необходимых документов инспекция вправе исчислить налог расчетным путем.

В данном случае компания препятствовала проведению проверки, что подтверждается соответствующими актами. Требование о восстановлении и представлении документов было проигнорировано компанией. Суды обратили внимание, что достоверно налоги могут быть исчислены только при надлежащем оформлении учета доходов и расходов, в то время как применение расчетного метода предполагает исчисление налогов с той или иной степенью вероятности. Кроме того, при использовании расчетного метода налогоплательщику не могут быть предоставлены вычеты НДС, поскольку они носят заявительный характер.

Суды также отклонили документы, представленные налогоплательщиком в суд. Кассация (Ф09-4466/2017 от 23.08.2017) отметила: «представление в арбитражный суд отдельных документов без системной взаимосвязи и упорядочении в соответствии с действующим законодательством не свидетельствует о соблюдении налогоплательщиком положений глав 21 и 25 НК РФ; само по себе наличие у налогоплательщика первичных документов без надлежащей проверки достоверности содержащихся в них сведений не является безусловным основанием для подтверждения заявленных сумм вычетов по НДС и отнесения заявленных сумм на расходы, уменьшающие налоговую базу по налогу на прибыль».