В 2009 году ООО исчислило налог на прибыль за обособленное подразделение в сумме 2,5 млн рублей, а перечислило 25,7 млн рублей. После закрытия обособленного подразделения в августе 2010 года остатки по лицевым счетам были переданы в налоговый орган по месту нахождения головной организации. В ноябре 2011 года ООО обратилось в инспекцию с заявлением о зачете переплаты в счет уплаты налога на прибыль. В зачете компании было отказано по причине неподтверждения отделом камеральных проверок факта излишней уплаты налога.

Затем компания неоднократно обращалась в инспекцию с целью отражения правильного сальдо по налогу, переданного в ИФНС по месту нахождения головной фирмы, проведения сверки и возврата излишне уплаченного налога. Тем не менее, в справке о состоянии расчетов от 30 июня 2015 года переплат нет. В акте сверки на 7 августа 2015 года переплата появилась. Компания обратилась в суд с иском о возврате излишне уплаченного налога.

Суды двух инстанций (дело № А32-35783/2016) удовлетворили требования компании, указав, что она своевременно обращалась с соответствующим заявлением в инспекцию.

Кассация отменила их решение, разъяснив, что исчисление налога на прибыль по итогам 2009 года производится не позднее 28 марта 2010 года (пункт 4 статьи 289 НК). Таким образом, на момент подачи декларации по налогу на прибыль за 2009 год компания должна была знать о переплате налога. В суд с требованием о возврате налога компания обратилась только в октябре 2016 года. Обстоятельств, препятствующих обратиться в суд в установленный (трехлетний срок), компания не назвала.

В решении кассации (Ф08-4599/2017 от 31.07.2017) указано: «непризнание налоговым органом факта переплаты налога не изменяет установленный порядок исчисления срока давности для требований о возврате налога путем обращения в суд».