По итогам камеральной проверки уточненной декларации (корректировка № 2) по НДС за 3 квартал 2015 года налоговая составила акт 4 февраля 2016 года, а 14 марта вынесла решение о привлечении к ответственности, доначислении налога и пени. При этом 5 февраля компания представила уточненную декларацию (корректировка № 3), которая не была учтена при вынесении решения.

По мнению инспекции, окончанием налоговой проверки является дата составления акта проверки, после чего налоговый орган вправе вынести решение без учета дальнейших уточнений.

Суды трех инстанций (№ А54-3660/2016) отменили решении инспекции, указав на пункт 9.1 статьи 88 НК – если до окончания камеральной проверки представляется уточненная декларация, то проверка прекращается и начинается новая. При этом под «окончанием проверки» понимается не буквальное окончание проведения действий до составления акта проверки, а полное завершение всех действий по проверке, заканчивающихся принятием решения. Не имеет смысла продолжение всех действий в отношении той налоговой декларации, которая была уточнена налогоплательщиком.

Суды (постановление кассации Ф10-2497/2017 от 05.07.2017) признали доначисления компании необоснованными.