Компания занималась сдачей в наем собственных нежилых помещений и применяла УСН с объект обложения «доходы». Учредителями компании было принято решение о создании филиала в другом городе, утверждено положение о филиале, внесены изменения в устав компании, назначен директор филиала, сведения внесены в ЕГРЮЛ.

В соответствии с подпунктом 1 пункта 3 статьи 346.12 НК в связи с созданием филиала компания с 3 квартала 2013 года перешла на общую систему налогообложения.

В октябре 2014 года внеочередным собранием участников принято решение о закрытии филиала, а в ноябре 2014 года филиал снят с учета.

В декабре 2014 года компания представила уточненную декларацию по НДС за 4 квартал 2013 года с суммой налога к возмещению. В подтверждение вычетов были представлены договоры, счета-фактуры, товарные накладные, акты выполненных работ, справки о стоимости выполненных работ и затрат, книга покупок, книга продаж, иные документы.

По результатам камеральной проверки ИФНС отказала в возмещении налога, признав создание филиала формальным – для получения права на налоговые вычеты. Установлено, что филиал зарегистрирован в подвальном помещении, арендованном у взаимозависимого лица (отца учредителя), руководителем филиала назначена супруга учредителя. Также установлено отсутствие у филиала имущества, транспортных средств, персонала. Справки по форме 2-НДФЛ по филиалу в инспекцию не представлялись, также как и отчетность, арендная плата не перечислялась, расчетный счет не открывался. Доказательств ведения филиалом деятельности не представлено.

Суд первой инстанции (дело № А27-24475/2015) отменил решение инспекции, указав, что деятельность филиала не является условием для подтверждения вычетов в силу главы 21 НК, следовательно, компания правомерно заявила НДС к возмещению.

Апелляция и кассация (Ф04-179/2017 от 27.02.2017) отменили его решение, указав на статью 55 ГК – представительства и филиалы не являются юридическими лицами. Они наделяются имуществом создавшим их юрлицом и действуют на основании утвержденных им положений. Доказательств, что филиал занимался продвижением туристических продуктов, рекламы, пропаганды зимнего вида спорта, как пояснил истец, в дело не представлено.

Суды также учли показания свидетелей, работающих в компаниях, находящихся в том же здании, что и заявленный филиал – нахождение в здании филиала или вывески филиала они не подтвердили.