В письме от 24.01.2017 № 03-07-11/3075 Минфин напомнил, что налоговая база по НДС увеличивается на суммы денежных средств, полученных в виде финансовой помощи, на пополнение фондов специального назначения, в счет увеличения доходов либо иначе связанных с оплатой реализованных товаров (работ, услуг).

Таким образом, дополнительное вознаграждение за достижение ключевых показателей эффективности, полученное экспедитором, оказывающим услуги по перевозке на основании договора транспортной экспедиции, включается в налоговую базу по НДС.