По результатам выездной проверки ИФНС установила, что компания ежемесячно (с октября 2011 по август 2013 года) перечисляла на счет директора компании в банке денежные средства (всего на сумму 5,2 млн рублей) с назначением платежа «выдача на заработную плату». При этом справка 2-НДФЛ за 2011 год представлена только на директора на сумму 30 тысяч рублей, за 2012 год справки не представлены, за 2013 год представлены на трех работников с общей суммой выплаченной заработной платы 131 тысяча рублей. Инспекция признала перечисленные директору денежные средства зарплатой и доначислила НДФЛ, пени и штраф.

Компания пыталась оспорить решение в суде (дело № А75-6513/2015), поясняя, что полученные в банке денежные средства использовались для погашения долга по договору займа. Компания представила договор, по которому она занимает у директора денежные средства. Компания пояснила, что акт передачи денежных средств по договору займа не запрашивался в ходе проверки. Частично (1,7 млн рублей) денежные средства были потрачены на приобретение материалов, что подтверждается документально.

Суды трех инстанций отменили решение налоговой в части денежных средств, потраченных на приобретение материалов, указав на отсутствие оснований для их квалификации в качестве дохода руководителя.

При этом суды отклонили представленный в дело договор займа, поскольку сведения, отраженные в справках 2-НДФЛ на руководителя, указывают на отсутствие у данного лица денежных средств в размере, необходимом для предоставления займа. Сведения о наличии иного дохода в налоговый орган не предоставлялись. Таким образом, денежные средства, полученные с назначением платежа «выдача на заработную плату» признаны судами (постановление кассации Ф04-3119/2016 от 12.09.2016) доходом руководителя, с которого компания должна была исчислить и удержать НДФЛ. Суды отклонили довод истца об ошибочном указании назначения выплаты в чековой книжке, отметив, что выплаты носили систематический характер на протяжении длительного времени.