В письме от 24.06.16 № 03-04-05/36856 Минфин ответил на вопросы об НДФЛ при продаже квартиры, когда на такие правоотношения распространяются нормы статьи 220 НК в редакции, действовавшей до 2014 года.

Имущественный вычет в таком случае положен в размере доходов, полученных в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир или доли (долей) в них, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 рублей. При реализации имущества, находящегося в общей долевой собственности, размер имущественного налогового вычета распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их долям.

Сумма дохода, превышающая сумму примененного имущественного налогового вычета, подлежит налогообложению НДФЛ по ставке 13%.

Вместе с тем, если предметом договора являлась бы продажа каждым из продавцов своей доли в праве собственности на квартиру как самостоятельного объекта купли-продажи, то указанный имущественный налоговый вычет предоставлялся бы каждому из совладельцев в сумме, не превышающей 1 млн рублей.