В письме от 16.05.2016 г. № БС-4-11/8609 ФНС напомнила о необходимости представления налоговыми агентами расчета по форме 6-НДФЛ за первый квартал, полугодие, девять месяцев - не позднее последнего дня месяца, следующего за соответствующим периодом, за год - не позднее 1 апреля. Расчет заполняется на отчетную дату, соответственно, на 31 марта, 30 июня, 30 сентября, 31 декабря.

Раздел 1 расчета заполняется нарастающим итогом за первый квартал, полугодие, девять месяцев и год.

По строке 070 «Сумма удержанного налога» раздела 1 указывается общая сумма налога, удержанная на отчетную дату налоговым агентом, нарастающим итогом с начала налогового периода. По строке 080 «Сумма налога, не удержанная налоговым агентом» раздела 1 указывается общая сумма налога, не удержанная на отчетную дату налоговым агентом, нарастающим итогом с начала налогового периода, с учетом положений пункта 5 статьи 226 НК и пункта 14 статьи 226.1 НК.

Удержание суммы налога с зарплаты, начисленной за март, выплаченной в апреле, налоговым агентом должно производиться в апреле непосредственно при выплате зарплаты. Так что в строках 070 и 080 раздела 1 расчета за первый квартал проставляется «0». Данная сумма налога отражается только в строке 040 "Сумма исчисленного налога" раздела 1 расчета за первый квартал.

Ранее ФНС давала подробные разъяснения о заполнении раздела 2 расчета в отношении зарплат, начисленных за последний месяц первого квартала и выплаченных в следующем квартале.