В письме от 31 декабря 2015 г. N ЕД-4-2/23367@ ФНС напомнила, что налогоплательщик вправе отказаться от использования налоговой льготы либо приостановить ее использование на один или несколько налоговых периодов, если иное не предусмотрено НК.

В случае возникновения спора о том, имел ли место отказ налогоплательщика от использования льготы, следует исходить из того, что факт неучета налогоплательщиком налоговой льготы при составлении декларации за конкретный налоговый период сам по себе не означает его отказ от использования соответствующей налоговой льготы в этом периоде.

Поэтому право на налоговую льготу, не использованную в предыдущих налоговых периодах, налогоплательщик может реализовать путем подачи уточненной налоговой декларации, заявления в рамках проведения выездной налоговой проверки (в части льгот, имеющих отношение к предмету проводимой проверки и проверяемому налоговому периоду) либо заявления в налоговый орган при уплате налога на основании налогового уведомления.

Кроме того, ФНС отметила, что при проверке налоговики не должны корректировать в сторону увеличения объем реализации, если выявили завышенные расходы или вычеты по НДС. Президиум ВАС в постановлении от 25.06.2013 N 1001/13 по делу N А40-29743/12-140-143 указывал, что в случае переквалификации налоговым органом операций налогоплательщика из необлагаемых НДС в облагаемые налоговому органу следует при наличии у налогоплательщика счетов-фактур учесть при определении суммы НДС подлежащей уплате в бюджет, и вычеты по данному налогу. Однако это не применяется в обратном порядке (не происходит доначисления реализации при обнаружении "лишних" вычетов).