В 2009 году компания приобрела основные средства и отнесла их к 4 амортизационной группе со сроком полезного использования от 5 до 7 лет включительно (на 84 месяца). В 2012 году компания провела модернизацию ОС, после которой их остаточная стоимость была увеличена на затраты, связанные с проведением модернизации, что подтверждается данными бухучета. Поскольку характер работ по модернизации не повлиял на срок полезного использования ОС, компания учитывала в расходах амортизацию исходя из остаточной стоимости основных средств (увеличенных на затраты на модернизацию) с учетом прежнего срока полезного использования.

По результатам выездной проверки ИФНС доначислила налог на прибыль, пени и штраф. При этом инспекция указала на пункт 20 ПБУ 6/01 "Учет основных средств", в соответствии с которым налогоплательщик должен был пересмотреть сроки полезного использования указанных основных средств после модернизации.

Суды трех инстанций (дело № А72-16514/2014) признали решение инспекции недействительным, указав на абзац 2 пункта 1 статьи 258 НК, в соответствии с которым в налоговом учете налогоплательщик вправе (а не обязан) увеличить срок полезного использования объекта, если после реконструкции, модернизации или технического перевооружения увеличился срок его службы. Таким образом, модернизация основного средства не влечет неизбежного увеличения срока его полезного использования.

В решении кассации (Ф06-4506/2015, Ф06-5056/2015 от 22.01.2015) указано: «если в результате модернизации основных средств срок их полезного использования не изменился, то налогоплательщик учитывает всю стоимость такого основного средства в течение оставшегося срока полезного использования, увеличивая сумму его ежемесячной амортизации».