В письме от 27.04.2015 № 03-07-11/24223 Минфин сообщил, что счета-фактуры, выставленные покупателю комиссионером, реализующим от своего имени товары, подлежат регистрации в части 1 журнала учета в хронологическом порядке по дате их выставления.

При заполнении графы 12 части 1 журнала учета комиссионером, реализующим товары (работы, услуги), имущественные права от своего имени покупателю, указываются номер и дата счета-фактуры, выставленного комиссионеру продавцом-комитентом. При этом данные сведения переносятся из графы 4 части 2 "Полученные счета-фактуры" журнала учета, в котором полученные счета-фактуры подлежат единой регистрации в хронологическом порядке по дате их получения.

Таким образом, при получении счета-фактуры комиссионером от комитента после завершения налогового периода, в котором был выставлен счет-фактура комиссионером покупателю, счет-фактура, полученный от комитента, регистрируется в графе 4 части 2 журнала учета в периоде получения, а в графу 12 части 1 журнала учета необходимо внести уточнения за тот налоговый период, в котором был зарегистрирован счет-фактура, выставленный комиссионером, и указать номер и дату счета-фактуры комитента из графы 4 части 2 журнала учета текущего налогового периода.

После внесения изменений в часть 1 журнала учета налогоплательщику следует представить в налоговый орган уточненную налоговую декларацию по налогу на добавленную стоимость за соответствующий налоговый период.

При неотражении в графе 12 части 1 журнала учета комиссионером номера и дата счета-фактуры, выставленного комиссионеру продавцом-комитентом, необходимо иметь в виду следующее.

Согласно требованиям НК при выявлении противоречий между сведениями об операциях, содержащимися в налоговой декларации по НДС, либо при выявлении несоответствия сведений об операциях, содержащихся в декларации, представленной налогоплательщиком, сведениям об указанных операциях, содержащимся в декларации по НДС контрагента, или в журнале учета, если такие противоречия, несоответствия свидетельствуют о занижении суммы НДС, подлежащей уплате в бюджет, либо о завышении НДС, заявленного к возмещению, налоговый орган также вправе истребовать у налогоплательщика счета-фактуры, первичные и иные документы, относящиеся к указанным операциям.