На сайте Минфина опубликовано письмо ведомства от 18.05.2015 № 03-07-РЗ/28263 "О принятии к вычету НДС на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет товаров (работ, услуг)".

Ведомство напомнило, что в соответствии с пунктом 1.1 статьи 172 НК (федеральный закон от 29.11.2014 № 382-ФЗ) вычеты НДС могут быть заявлены в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия на учет приобретенных налогоплательщиком на территории РФ товаров (работ, услуг), или товаров, ввезенных им на территорию РФ.

В то же время необходимо учитывать, что согласно пункту 1 статьи 172 НК вычеты сумм, предъявленных продавцами налогоплательщику при приобретении (уплаченных при ввозе на территорию РФ) основных средств, оборудования к установке, и (или) нематериальных  активов, указанных в пунктах 2 и 4 статьи 171 НК, производятся после принятия на учет данных основных средств, оборудования к установке, и (или) НМА в полном объеме.

Таким образом, допускатеся принятие к вычету НДС на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет товаров (работ, услуг), за исключением ОС, оборудования к установке и НМА.

Аналогичные разъяснения ведомство давало и ранее.