В письме от 6 марта 2015 г. N ЕД-4-15/3682 ФНС сообщила, что камеральная проверка на предмет обоснованности ставки НДС 0% и налоговых вычетов проводится не только на основании документов, представляемых налогоплательщиками, но и с использованием всей имеющейся в налоговом органе информации (сведений, документов) о налогоплательщике, в том числе полученной при проведении мероприятий налогового контроля.

Анализ таких сведений проводится налоговым органом в том числе с использованием возможностей программного комплекса ПИК "НДС", которые позволяют более оперативно провести сравнительный анализ сведений, указанных в документах, представленных налогоплательщиком, и сведений, полученных в ходе мероприятий налогового контроля.

Представление налогоплательщиком в налоговый орган информации в электронной форме, содержащей сведения об экспортной операции, в том числе из документов, обосновывающих правомерность применения нулевой ставки и вычетов, направлено на более оперативный и эффективный контроль за возмещением НДС из федерального бюджета.

При этом непредставление налогоплательщиком указанной информации в электронной форме не может являться основанием для принятия налоговым органом решения об отказе в возмещении соответствующих сумм налога.

При заполнении показателей, предусмотренных в программном обеспечении "Возмещение НДС: Налогоплательщик", имеется возможность проводить проверку сведений, отраженных в документах, связанных с экспортной операцией (полноту и правильность отражения сведений в показателях; соответствие сведений, указанных в различных документах; наличие необходимых отметок таможенных органов на документах). Это способствует представлению в налоговый орган для обоснования нулевой ставки и вычетов достоверного пакета документов, соответствующего требованиям статьи 165 НК.