Кроме того, суды напомнили о невозможности вычета НДС по услугам, облагаемым по ставке 0%, даже если в счете-фактуре поставщиком выделен НДС 18%.

По результатам выездной проверки ИФНС доначислила компании налог на прибыль, пени, штраф, посчитав неправомерным включение в состав расходов единовременно затрат на приобретение неисключительных прав на использование программ для ЭВМ, в том числе в отношении лицензии на программное обеспечение со сроком использования не менее 10 лет. По мнению инспекции, в соответствии со статьей 272 НК расход должен был учитываться не единовременно, а частями на протяжении 10 лет. При этом указание в договоре на возможность использования ПО в течение не менее 10 лет инспекция считает условием договора, предусматривающим получение доходов в течение более чем одного отчетного периода, что обязывает налогоплательщика распределять указанные расходы с учетом принципа равномерности признания доходов и расходов.

Суды первой и апелляционной инстанции (дело № А40-47800/2014) признали решение инспекции законным, указав, что учетной политикой компании также предусмотрен учет расходов в том отчетном периоде, в котором они возникают исходя из условий сделок, независимо от времени фактической оплаты.

Кассация (постановление Ф05-3419/2015 от 13.04.2015) отменила их решение, решив, что пункт 1 статьи 272 НК применен судами неправильно. По мнению кассации, срок использования компанией программы и возможное получение дохода не означает, что лицензионным договором предусмотрено получение доходов в течение более чем одного отчетного периода. Суды разъяснил, что срок использования программы не влияет на порядок признания расходов.

Инспекция также доначислила компании НДС, установив неправомерное применение налоговых вычетов по счетам-фактурам от ряда компаний, оказывавших услуги по таможенному оформлению и транспортно-экспедиционному обслуживанию импортных грузов. Инспекция указала, что на основании пункта 1 статьи 164 НК данные операции подлежат обложению по налоговой ставке 0%. Следовательно, лица, оказывавшие эти услуги, не имели оснований для указания в счетах-фактурах ставки НДС 18%, а налогоплательщик не имел оснований для применения налогового вычета, исчисленного по неустановленной ставке.

Суды трех инстанций по данному эпизоду признали решение инспекции законным, установив, что услуги по таможенному оформлению и транспортно-экспедиционному обслуживанию импортных грузов оказывались налогоплательщику до помещения ввозимых товаров под тот или иной таможенный режим. Суды указали на постановление президиума ВАС от 15.02.2011 № 13485/10, в соответствии с которым ставку 0% нужно применять к услугам по транспортировке ввозимых в РФ товаров, под которыми понимаются ввезенные товары до их выпуска таможенными органами. Эти положения распространяется на работы (услуги) по организации и сопровождению перевозок, перевозке или транспортировке, организации, сопровождению, погрузке и перегрузке вывозимых за пределы территории РФ или ввозимых на территорию РФ товаров.