Документ: Письмо ФНС России от 14.07.2014 № ГД-4-3/13503@.

Если вы имеете на территории Республики Крым обособленное подразделение, то НДФЛ с заработной платы работников этого подразделения вы должны платить в инспекцию Республики Крым.

Дело в том, что организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять удержанные суммы НДФЛ в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения. При этом сумма НДФЛ по обособленному подразделению определяется исходя из суммы дохода, выплачиваемого работникам этих подразделений (ст.226 НК РФ).