В письме от 9 июля 2014 г. № ГД-4-3/13341@ ФНС рассмотрела следующую ситуацию. Экспортировав товары в 1 квартале 2009 года и не успев собрать необходимый пакет документов в течение 180 дней, налогоплательщик подал уточненную декларацию по НДС, в которой отразил НДС по реализации на экспорт, право на нулевую ставку по НДС по которому не подтверждено. Пакет документов на подтверждение права на нулевую ставку налогоплательщик собрал через 3 года после указанной реализации и указал в декларации за 1 квартал 2012 года ранее уплаченный НДС по экспорту к вычету.

Сославшись на два документа ВАС за 2009-2010 годы, ФНС пришла к выводу, что в этом случае для возмещения налога декларацию надо было сдать еще до окончания 1 квартала 2012 года.