В 2006 году между ООО «Ю» (заказчик) и ООО «Э» (подрядчик) был заключен договор строительного подряда. Затем ООО «Ю», действуя в качестве инвестора, по договору передал права заказчика ООО «Ф». Оплата выполненных работ производилась инвестором. Строительство объекта завершено и объект введен в эксплуатацию в 2010 году.

Подрядчик по мере выполнения работ первоначально выставлял счета-фактуры непосредственно ООО «Ю», затем перевыставлял их ООО «Ф». На основании перевыставленных счетов-фактур ООО «Ф» составил сводный счет-фактуру, который предъявил ООО «Ю». После получения данного счета-фактуры инвестор заявил налоговый вычет в уточненной налоговой декларации за 4 квартал 2010 года.

Проведя камеральную проверку декларации, инспекция отказала компании в вычете, указав, что заказчик не имел оснований для выставления налогоплательщику-инвестору сводного счета-фактуры, поскольку первоначально подрядчик выставлял счета-фактуры непосредственно налогоплательщику, расчеты за работы производились со счета инвестора, учет работ также производился инвестором, а не заказчиком.

Суды трех инстанций (дело № А40-137020/2013) признали правомерным вычет по сводному счету-фактуре.

По мнению судов, обстоятельства перевыставления счетов-фактур не влияют на право налогоплательщика применить налоговый вычет. Из пояснений истца следует, что подрядчик первоначально выставлял счета-фактуры непосредственно истцу исходя из договоренности в целях контроля за ходом выполнения работ. Затем счета-фактуры перевыставлялись заказчику, что не противоречит налоговому законодательству. При этом применение налогового вычета налогоплательщиком дважды не установлено.