В 2009 году ИФНС провела выездную проверку компании. По результатам были начислены пени и штраф по НДФЛ, нарушений по иным налогам не установлено. Спустя два года Управление ФНС вынесло решение о проведении повторной проверки. В результате компании были доначислены еще и НДС и налог на прибыль на 8,6 миллиона рублей, а также пени на 3,8 миллиона рублей за период, охваченный первоначальной проверкой.

Компания решила оспорить законность проведения повторной проверки в суде  (дело № А29-1670/2013). По мнению фирмы, налоговики нарушили статью 89 НК. Суды трех инстанций согласились с этим.

В соответствии с пунктом 10 статьи 89 НК повторная проверка может проводиться вышестоящим налоговым органом в порядке контроля за деятельностью налогового органа, проводившего первоначальную проверку.

В решении управления о назначении повторной проверки было указано, что она проводится в порядке контроля за деятельностью инспекции. Однако ни оспариваемое решение, ни акт повторной проверки не содержат никаких конкретных признаков, которые бы позволили идентифицировать первоначальную проверку. 

В оспариваемом решении и в акте по результатам проверки отсутствует не только анализ итогов первоначальной проверки, выявленных нарушений и собранных доказательств, но и какое-либо упоминание о такой проверке. Не приведены доводы о том, что первоначальная проверка была неэффективной и носила фрагментарный характер.

При повторной проверке управление приняло во внимание документы, полученные им при данной проверке в 2011-2012 годах, и не доказало, что инспекторы, проводившие первоначальную проверку в 2009 году, располагали этими же документами.

Суды пришли к выводу, что «повторная проверка, хотя и оформлена управлением в порядке пункта 10 статьи 89 НК, фактически таковой не является, поскольку не имела своей целью обеспечение законности и обоснованности принимаемого инспекцией решения».