В проверяемом периоде компания осуществляла как облагаемые (на сумму 0,4 тыс. рублей), так и необлагаемые НДС операции (начисление процентов по предоставленным займам) на сумму 1700 тыс. рублей. В декларации по НДС ею была заявлена сумма налога к возмещению из бюджета.

В соответствии с пунктом 4 статьи 170 НК если доля совокупных расходов на приобретение, производство или реализацию товаров (работ, услуг), не облагаемых НДС, не превышает 5% от общей величины совокупных расходов, то суммы налога, предъявленные налогоплательщикам продавцами товаров (работ, услуг), подлежат вычету.

По результатам камеральной проверки декларации инспекция отказала в возмещении НДС, посчитав, что доля расходов компании, приходящаяся на операции по выдаче займов, в совокупных расходах составляет более 5%.

Инспекция рассчитала долю дохода по операциям, не подлежащим налогообложению - 1700/(1700+0,4)*100% - и получила 99,97%. Затем она рассчитала расходы по необлагаемым операциям (74467*99,97%) = 74444, при этом из материалов дела не усматривается, как инспекция получила 74467 рублей, возможно, что это сумма общехозяйственных расходов. Далее инспекция определила долю расходов по необлагаемым операциям в совокупных расходах (74444/758715) = 9,8%.

Компания, обращаясь в суд (дело № А70-3619/2013), привела свой расчет, сложив по 3% от расходов на оплату труда директора и бухгалтера, налогов, материальных расходов, связи. Полученную сумму компания делит на совокупные расходы и получает 1,9%, что меньше указанных в законе 5%. При этом компания ссылается на учетную политику и проведенный хронометраж рабочего времени.

Однако суды, проанализировав учетную политику, установили невозможность определения методики отнесения 3% перечисленных расходов для операций, облагаемых НДС.

Так как компания самостоятельно не регламентировала и не отразила в учетной политике порядок определения способа ведения раздельного учета облагаемых и не облагаемых НДС операций, не установила методику расчета доли совокупных расходов по необлагаемым НДС операциям, то расчет доли совокупных расходов по операциям, не подлежащим налогообложению НДС, по мнению судов четырех инстанций, правомерно произведен инспекцией пропорционально выручке от реализации.

Суды признали решение инспекции действительным, и в передаче дела в президиум ВАС для пересмотра в порядке надзора компании отказано.