В письме от 18.02.14 № 03-04-06/6773 Минфин сообщил, что ставка НДФЛ в размере 30% установлена в отношении доходов за выполнение трудовых обязанностей в РФ, получаемых физлицами, не являющимися налоговыми резидентами РФ.

Однако из этого общего правила установлено исключение. Им являются доходы, получаемые от осуществления трудовой деятельности в качестве высококвалифицированного специалиста в соответствии с федеральным законом "О правовом положении иностранных граждан в РФ". В отношении доходов таких лиц действует налоговая ставка 13%.

Для доходов физлиц, признаваемых налоговыми резидентами РФ, от осуществления трудовой деятельности установлена налоговая ставка в размере 13%.

Таким образом, оплата труда сотрудника организации - высококвалифицированного специалиста облагается НДФЛ по ставке 13% независимо от его налогового статуса.