В ходе выездной налоговой проверки налоговики обнаружили несоответствие данных по НДС в представленных налогоплательщиком книг продаж и покупок (а также – данных бухучета) со сведениями, отраженными в налоговых декларациях.

Сумма подлежащего уплате НДС была занижена, что послужило основанием для соответствующих доначислений (в т.ч. штрафов и пеней) по итогам проверки.

Опрошенные в ходе проверки сотрудники сослались на сбой в компьютере и некорректное восстановление данных к моменту сдачи налоговых деклараций по НДС. Однако в таком случае налогоплательщику следовало представить в налоговый орган уточненную декларацию и документально подтвердить отраженные в декларации данные при  представлении возражений на акт проверки. Этого сделано не было, а дополнительные документы, обосновывающие налоговые вычеты были направлены в налоговый орган только после вынесения решения по итогам проверки. Как оказалось, в бухучете не были отражены операции по трем контрагентам, проверить взаимоотношения с которыми по окончании проверки не представлялось возможным.

Учитывая, что в ходе проверки налогоплательщик не смог объяснить, каким образом сбой в компьютере повлиял на ведение учета, представил документы после окончания проверки, а также – не подал "уточненку", суд встал на сторону налоговиков (постановление ФАС УО от 17.12.2012 по делу N А76-5918/2012, отказано в пересмотре определением ВАС РФ от 26.04.2013 № ВАС-4857/13).