В письме от 29.04.13 № 03-04-05/14944 Минфин со ссылкой на правила ведения ЕГРП указал, что изменение категории земельного участка не влечет за собой существенного изменения объекта, а также прекращения или перехода права на него.

Таким образом, моментом возникновения права собственности у налогоплательщика на земельный участок является не дата повторного получения свидетельства о праве собственности в связи с изменением вида разрешенного использования земельного участка, а момент первоначальной государственной регистрации права собственности на указанное имущество.

Поэтому если проданный участок в течение последних трех лет подвергся изменению вида разрешенного использования, но в собственности находился дольше трех лет, то доход от его продажи не облагается НДФЛ.