В письме от 10 апреля 2013 г. N ОА-4-12/6612@ ФНС указала, что налогоплательщик направляет уведомление о контролируемых сделках в тот налоговый орган, в котором он состоит на налоговом учете, то есть либо по месту своего нахождения (налогоплательщики-организации), либо по месту жительства (налогоплательщики - физические лица). Организации, отнесенные к крупнейшим налогоплательщикам, представляют уведомление в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейших налогоплательщиков.

Если в состав организации входят обособленные подразделения, то уведомление следует подавать только в налоговый орган по месту нахождения (учета) головной организации.

По выбору налогоплательщика уведомление можно представлять на бумажном носителе в виде утвержденной машинно-ориентированной формы, заполненной от руки или распечатанной на принтере, или в электронной форме по установленным форматам.

ФНС напомнила также о недавно принятых поправках в законодательство, в соответствии с которыми уведомление о контролируемых сделках за 2012 год направляется налогоплательщиком в налоговый орган по месту его нахождения (месту его жительства) в срок не позднее 20 ноября 2013 года, а не до 20 мая, как это было предусмотрено ранее и как это установлено в общем случае. Соответственно, на полгода (до 30 июня 2014 года) продлен срок, в течение которого налоговики могут назначить проверку в отношении сделок между взаимозависимыми лицами, доходы (расходы) по которым относятся к периоду 2012 года. Документация по таким сделкам может быть истребована налоговиками не ранее 1 декабря 2013 года.

В случае реорганизации организации уведомление за нее представляет ее правопреемник, указывая на титульном листе свои ИНН и КПП. В поле "налогоплательщик" указывается наименование реорганизованной организации. В поле "ИНН/КПП реорганизованной организации" указываются соответственно ИНН и КПП, которые были присвоены организации до реорганизации налоговым органом по месту ее нахождения (по налогоплательщикам, отнесенным к категории крупнейших, - налоговым органом по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика). На титульном листе уведомления о контролируемых сделках указывается код ОКАТО того муниципального образования, на территории которого находилась реорганизованная организация. Делается это в срок до 20 мая следующего года за годом совершения контролируемых сделок, а в отношении сделок за 2012 год для реорганизованных организаций действует перенос срока до 20 ноября, как и для любых других компаний.

В письме перечислены основания для отказа в приеме уведомления (представлено не в тот налоговый орган, или не по формату, или усиленная квалифицированная ЭП отсутствует или недостоверна).

В случае выявления факта отсутствия в уведомлении необходимых реквизитов должностное лицо территориального налогового органа, ответственное за прием уведомлений, информирует об этом налогоплательщика (его представителя) и предлагает устранить выявленные недостатки. Но даже если он отказывается сделать это, уведомление подлежит приему.

В документе также сказано о невозможности отзыва уведомления налогоплательщиком, приведены другие сведения о работе налоговых органов с уведомлениями.