Организация, арендующая помещения у физического лица и выплачивающая физическому лицу арендную плату, должна исчислить, удержать и перечислить в бюджет НДФЛ даже в том случае, если арендодатель – физическое лицо уведомил компанию о том, что на основании пп. 1 п. 1 ст. 228 НК РФ она не является налоговым агентом.
Такие разъяснения содержит письмо Минфина России от 27.02.13 № 03-04-06/5601.