Вместе с суммой неправомерно возмещенного налога на добавленную стоимость, налогоплательщик должен заплатить и соответствующую сумму пеней. Такое мнение высказала Федеральная налоговая служба в письме от 21.02.13 № АС-4-2/2940.

Чиновники отмечают, что при выявлении сумм незаконно возмещенного НДС, налоговый орган вправе потребовать их уплаты в бюджет. Соответствующий вывод содержится в постановлении Президиума ВАС РФ от 31.01.12 № 12207/11.

В налоговом ведомстве полагают, что сумму незаконно возмещенного НДС можно рассматривать как недоимку по данному налогу. Ведь недоимкой считается сумма налога или сбора, которая не уплачена в бюджет в установленные законодательством сроки (п. 2 ст. 11 НК РФ,).

На сумму недоимки, согласно положениям статьи 75 НК РФ, должны начисляться пени. В случае с незаконно возмещенным НДС пени начисляются со дня, следующего за датой возврата денежных средств налогоплательщику, и (или) в части зачтенных сумм — со дня, следующего за датой принятия соответствующего решения о зачете (возврате) налога. При этом процентная ставка пени принимается равной одной трехсотой действующей в это время ставки рефинансирования ЦБ РФ.