Суд постановил, что взыскание НДС только из-за расхождения данных в декларациях по разным налогам незаконно.

Тринадцатый ААС отказал в апелляции налоговой инспекции по делу № А56-38368/2012 по вопросам доначисления НДС.

Проводя выездную налоговую проверку ООО "АТ", налоговики обнаружили расхождение в декларациях по налогу на прибыль за 2008 г. и НДС за 4 квартал 2008 г. Исследовав регистры бухучета по счетам 62 "Расчеты с покупателями и заказчиками", 90 и 91 "выручка от реализации товаров (работ, услуг)", инспекторы доначислили на разницу НДС, пени и штраф.

ООО обжаловало данное решение в суд. При рассмотрении выяснилось, что исследование первичной документации не проводилось, то есть ИФНС не установила причину расхождения сведений в декларациях.
Приказом ФНС от 25.12.2006 N САЭ-3-06/892 в соответствии с НК утверждены требования к составлению акта выездной налоговой проверки. В случае выявления в ходе проверки расхождений между налоговой декларацией и документами бухгалтерского учета (книги продаж, книги покупок) лицо, проводящее проверку, должно определить причину такого расхождения. Для этого должны быть проверены первичные документы налогоплательщика, служащие основанием для исчисления и уплаты налога.

Суд постановил, что определение сумм неуплаченного налога только путем сопоставления данных бухгалтерской и налоговой отчетности не соответствует нормам налогового законодательства и противоречит требованиям статьи 89 НК РФ.

Расхождения данных в декларациях само по себе не может однозначно свидетельствовать о занижении доходов от реализации. Сумма реализации, отраженная в декларациях по НДС и по налогу на прибыль, может не совпадать в зависимости от применяемых налогоплательщиком льгот, порядком уплаты авансовых платежей, а также выбранной учетной политики. Это само по себе не может свидетельствовать о совершении компанией налогового правонарушения.