Если сотрудник организации в течение месяца работает в нескольких обособленных подразделениях, то НДФЛ с доходов такого сотрудника должен перечисляться в соответствующие бюджеты по месту нахождения каждого такого обособленного подразделения с учетом отработанного времени в каждом обособленном подразделении.

Такое разъяснение содержится в письме ФНС от 26 октября 2012 г. № ЕД-4-3/18173@.