Если доля в квартире принадлежала физическому лицу более трех лет, то доходы, полученные налогоплательщиком от продажи квартиры, пропорциональные его доле в праве собственности на данную квартиру, не облагаются НДФЛ. При этом не имеет значения тот факт, что менее, чем за три года до продажи квартиры менялся состав собственников и размер доли физического лица в праве собственности на квартиру.

Об этом говорится в письме ФНС России от 22.10.12 №ЕД-4-3/17824@.