НДФЛ с отпускных перечисляется по месту нахождения того подразделения, в котором был оформлен отпуск

Если работник в течение налогового периода работал в нескольких обособленных подразделениях и затем ушел в отпуск, НДФЛ с отпускных следует перечислить в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, в котором ему был оформлен отпуск.

Такие разъяснения содержит письмо Минфина России от 17.08.12 №03-04-06/8-250.