Налогоплательщик имеет право не вести раздельный учет НДС в тех налоговых периодах, в которых доля совокупных расходов на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых не подлежат налогообложению, не превышает 5 процентов общей величины расходов.

В письме от 03.08.12 № ЕД-4-3/12919@ ФНС России уточнила, что исчислять 5 процентов нужно от всех операций, освобождаемых от обложения НДС. Исчисление 5-процентной величины расходов в отношении одной из нескольких осуществляемых налогоплательщиком операций, освобождаемых от НДС, Налоговым кодексом не предусмотрено.