С 1 октября 2011 года вступил в силу подпункт 5 пункта 3 статьи 170 НК РФ. В соответствии с ним суммы НДС, принятые к вычету налогоплательщиком по основным средствам, подлежат восстановлению, если основные средства в дальнейшем используются для операций, облагаемых по нулевой ставке налога. Данная норма действует в отношении основных средств, принятых на учет с 1 октября 2011 года. Суммы налога необходимо восстановить в том налоговом периоде, в котором осуществляется отгрузка товаров (выполнение работ, оказание услуг), облагаемых НДС. В каком именно порядке восстанавливаются указанные суммы — в Налоговом кодексе не прописано. Данный вопрос Минфин разъяснил в письме от 01.06.12 № 03-07-15/56, которое ФНС письмом от 14.06.12 № ЕД-4-3/9782 рекомендовала довести до налоговых инспекций и налогоплательщиков в незамедлительном порядке.
Размер налога, подлежащего восстановлению, следует определять исходя из той доли налога, принятой к вычету, в которой основные средства используются при производстве или реализации товаров (работ, услуг), облагаемых по нулевой ставке налога и пропорционально остаточной (балансовой) стоимости без учета переоценки.
Восстановленные суммы НДС принимаются к вычету в налоговом периоде, на который приходится момент определения налоговой базы по операциям по реализации товаров (работ, услуг), облагаемых по нулевой ставке. При дальнейшем использовании основных средств в операциях, облагаемых по нулевой ставке НДС, суммы налога, принятые к вычету, повторно восстанавливать не нужно.