Президиум Высшего Арбитражного Суда РФ выработал позицию, согласно которой часть НДС, правомерно заявленная налогоплательщиком к возмещению, должна быть возвращена по окончании проверки независимо от наличия замечаний проверяющих по остальной части НДС, заявленной к возмещению (Постановление от 12 апреля 2011 г. № 14883/10).

Налоговый орган по итогам проверки признал часть НДС, заявленного к возмещению, и отказал в остальной части, что было отражено в акте проверки. Однако решение о возмещении НДС, признанного правомерно заявленным к возмещению, было принято лишь после истечения срока подачи налогоплательщиком возражений в отношении остальной части (возражения не были поданы), одновременно с отказом в возмещении остальной части НДС. Возврат НДС был произведён после подачи налогоплательщиком соответствующего заявления.

Налогоплательщик обратился в налоговый орган за процентами на сумму НДС, признанную к возмещению при проверке, полагая, что со дня окончания проверки и составления акта проверки, содержавшего выводы, что часть НДС заявлена к возмещению правомерно, началось течение срока возврата НДС, признанного к возмещению. Проверка была окончена в пределах установленного законом срока.

По мнению налогового органа, если по итогам проверки выявлены нарушения хотя бы в части НДС, заявленного к возмещению налогоплательщиком, то весь НДС, заявленный к возмещению, не подлежит возврату до разрешения вопроса о допущенных нарушениях в установленном административном порядке, включая часть, в отношении которой у налогового органа нет замечаний.

Президиум ВАС РФ, поддержав подход нижестоящих судов, указал, что часть НДС, заявленного к вычету и возмещению, в отношении которой у налогового органа нет замечаний, должна быть возмещена решением налогового органа независимо от оспариваемой части и не затрагивается наличием замечаний. Налоговый орган не вправе по окончании проверки откладывать возврат части НДС, заявленного к возмещению, в отношении которой не выявлено нарушений, в отношении этой части должен быть осуществлtн возврат в установленный срок после окончания проверки.