В соответствии с п. 7 ст. 226 НК РФ налоговые агенты с обособленными подразделениями обязаны перечислять суммы исчисленного и удержанного НДФЛ как по собственному местонахождению, так и по местонахождению каждого из своих обособленных подразделений.

Обособленным подразделением предприятия является любая территориально удаленная его часть со стационарно оборудованными рабочими местами. Согласно законодательству, обособленное подразделение следует признавать таковым вне зависимости от того, было ли отражено его создание в учредительной или иной организационно-распорядительной документации предприятия, и какие полномочия на него возложены. При этом рабочие места считаются стационарными, если они существуют более месяца.

В соответствии с пунктом 7 статьи 226 Налогового Кодекса России налоговые агенты с обособленными подразделениями обязаны перечислять суммы исчисленного и удержанного НДФЛ как по собственному местонахождению, так и по местонахождению каждого из своих обособленных подразделений.

Размер суммы налога, подлежащей перечислению в бюджет по местонахождению филиалов, следует определять исходя из суммы облагаемых доходов, начисляемых и выплачиваемых сотрудникам этих филиалов.

Следовательно, учет доходов физических лиц, работающих в головной организации и в обособленных подразделениях, нужно вести раздельно. Кроме того, головное предприятие обязано оформлять отдельное платежное поручение по каждому филиалу с указанием соответствующих налоговых и муниципальных кодов.

Как быть тем предприятиям, которые имеют несколько филиалов, расположенных в одном городе, но находящихся в ведомстве разных ИФНС? 

Такую ситуацию разъясняет письмо Минфина Российской Федерации  № 03-04-06 от 21.02.11 г, где сказано, что в данном случае предприятие может зарегистрироваться по местонахождению лишь одного из своих подразделений и производить перечисления в бюджет с доходов сотрудников всех подразделений по месту учета.

Согласно п.2 ст. 230 НК России, организация обязана предоставлять информацию о доходах своих сотрудников по месту постановки на учет. Данные сведения могут быть поданы сразу обо всех филиалах по месту учета головной организации, а если подразделения наделены полномочиями налогового агента, то и по месту их учета.

В случае когда сотрудник предприятия в течение месяца работает и в головной организации, и в обособленном подразделении, уплата НДФЛ должна быть произведена по местонахождению обоих объектов согласно отработанному времени. В аналогичном порядке следует предоставлять и сведения о доходах такого сотрудника.