Из-за введения ЕНС налоговики будут ждать установленного срока уплаты, даже если по факту косвенные налоги уже давно оплачены.

При импорте товаров из одной страны ЕАЭС в другую косвенные налоги (кроме акцизов по "маркировке") надо платить не позднее 20-го числа следующего месяца после принятия товаров на учет (либо после срока платежа по лизингу). В тот же срок подается декларация по косвенным налогам, заявление о ввозе товаров и уплате косвенных налогов  и выписка банка, подтверждающая уплату косвенных налогов.

С 1 января 2023 года денежные средства, поступившие в бюджет по платежному поручению, признаются ЕНП и участвуют в погашении общей совокупной обязанности, имеющейся на ЕНС на дату поступления платежа, а не конкретной обязанности, указанной налогоплательщиком в платежном поручении.

Следовательно, обязанность по уплате указанных косвенных налогов будет считаться исполненной с момента определения принадлежности средств, признаваемых в качестве ЕНП, то есть не ранее соответствующего 20-го числа. При наличии недоимки, учтенной на ЕНС, косвенные налоги будут считаться уплаченными только после погашения такой недоимки. Если денег на ЕНС не хватило – обязанность по уплате косвенных налогов не будет считаться исполненной.

Поэтому отметку о подтверждении уплаты косвенных налогов на заявлении налоговые органы не поставят ранее наступления срока уплаты НДС и акцизов по налоговой декларации по косвенным налогам.

Причем, предусмотрено проставление отметки (или отказ в этом) не позднее 10-ти рабочих дней со дня поступления заявления. В тех случаях, когда этот срок истекает до 20-го числа месяца, ФНС рекомендует уведомлять налогоплательщиков (посредством информационных писем) о возможности проставления указанной отметки после наступления срока уплаты косвенных налогов.

Не допускается отказ в проставлении отметки до наступления этого срока уплаты под предлогом истечения 10-ти дневного срока для проверки заявления, указала ФНС.

В случае истечения указанного десятидневного срока ранее или в день наступления срока уплаты косвенных налогов, налоговый орган должен проставить отметку либо отказать в ней не позднее следующего дня после наступления срока уплаты косвенных налогов (письмо от 24 марта 2023 года N ЕА-4-15/3533@).