Стандартного правила на этот случай нет, и ФНС советует перенести из счета-фактуры всю стоимость в полном объеме.

Правила заполнения книги покупок не предусматривают ситуацию, когда прослеживаемый товар приобретен для использования как в облагаемой НДС деятельности, так и в необлагаемой. Так что ФНС дала по этому поводу разъяснения.

При регистрации счета-фактуры в книге покупок в графы 16 – 19 переносятся реквизиты прослеживаемости и стоимость "прослежки" из счета-фактуры в полном объеме, независимо от суммы налога, предъявляемой к вычету в соответствующей доле. Так же надо действовать и в случае принятия к вычету НДС частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия товаров на учет товаров, подлежащих прослеживаемости.

Если вычет не планируется, то нет необходимости отражать сведения из таких счетов-фактур в отчете об операциях с товарами, подлежащими прослеживаемости. В случае утилизации этих товаров, передачи на переработку, реализации товаров, подлежащих прослеживаемости, не облагаемых НДС, сведения о таких товарах подлежат отражению в отчете.

Если товары, подлежащие прослеживаемости, используются для операций, облагаемых НДС, то сведения из счетов-фактур подлежат отражению в книге продаж с указанием реквизитов прослеживаемости (письмо от 30 сентября 2021 года N ЕА-4-15/13856@).