В письме от 12.02.18 № 03-07-11/8323 Минфин ответил на вопрос о вычете НДС с предоплаты, перечисленной продавцу в размере, превышающем размер предоплаты по договору.

Согласно пункту 12 статьи 171 и пункту 9 статьи 172 НК у налогоплательщика НДС, перечислившего предоплату, суммы налога, предъявленные продавцом товаров (работ, услуг, имущественных прав) при получении предоплаты, подлежат вычетам на основании счетов-фактур, выставленных продавцами при получении предоплаты, документов, подтверждающих фактическое перечисление этих сумм, и при наличии договора, предусматривающего их перечисление.

Таким образом, принятие к вычету суммы НДС покупателем, перечислившим предоплату в размере, превышающем размер, предусмотренный договором с поставщиком, при соблюдении вышеназванных условий НК не противоречит.