В письме от 15.11.17 № 03-07-08/75382 Минфин напомнил, что согласно подпункту 2.1 пункта 1 статьи 164 НК нулевая ставка НДС применяется в отношении транспортно-экспедиционных услуг, перечень которых установлен данным подпунктом, при организации международных перевозок по договору транспортной экспедиции, если пункт отправления или назначения товаров расположен за пределами территории РФ.

Применение нулевой ставки НДС по организации международной перевозки на основании иных договоров не предусмотрено.

Таким образом, услуги по организации международной перевозки товаров по логистическому договору подлежат обложению НДС по ставке 18%.