В 2013 году компания уплатила налог на прибыль за 2012 год. В декабре 2015 года компания представила уточненную декларацию по налогу на прибыль за 2012 год, в которой включила в расходы суммы убытков – недостач товаров при отсутствии виновных лиц. По результатам камеральных проверок инспекция подтвердила право компании на учет данных сумм в расходах, однако отказала в зачете переплаты налога в счет текущих платежей, сославшись на пропуск (на 1 день) срока подачи заявления, то есть на истечение трех лет со дня уплаты налога (пункт 7 статьи 78 НК).
Компания обратилась в суд (дело № А21-9193/2016), поясняя, что узнала о наличии права учесть убытки, а значит – о переплате после вынесения ВАС решения от 04.12.2013 № ВАС-13048/13 об учете убытков от мелких краж. ВАС признал недействительным письмо Минфина от 06.12.2012 № 03-03-06/1/630 в части, которая предписывает фирмам розничной торговли учитывать в расходах недостачи при отсутствии виновных лиц только при подтверждении этого органами внутренних дел.
Суды трех инстанций признали законным решение инспекции, разъяснив, что в данном случае важен момент, когда именно компания получила право на включение убытков в расходы. Согласно пункту 2 статьи 265 НК возможность учесть спорные затраты во внереализационных расходах была у компании на момент представления первоначальных деклараций по налогу на прибыль – в марте 2013 года.
В решении кассации (Ф07-10522/2017 от 25.09.2017) указано, что признание письма Минфина частично недействующим не свидетельствует об изменении действующего законодательства в части подтверждения расходов.