В письме от 6 сентября 2017 г. № СД-4-3/17731@ ФНС ответила на вопрос о возможности подписания второго экземпляра счета-фактуры, выставленного покупателю на бумажном носителе, электронной подписью.

На основании пункта 6 статьи 169 НК счет-фактура подписывается руководителем и главным бухгалтером организации либо иными лицами, уполномоченными на то приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации. Счет-фактура, составленный в электронной форме, подписывается усиленной квалифицированной электронной подписью руководителя организации либо иных лиц, уполномоченных на это приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации.

Указанная норма не запрещает формировать счета-фактуры на разных носителях (то есть в виде информации в электронной форме и на бумажном носителе) в целях сокращения документооборота. Поэтому ФНС считает возможным подписывать второй экземпляр счета-фактуры, выставленного на бумажном носителе, усиленной квалифицированной электронной подписью (УКЭП) руководителя и главного бухгалтера либо иных лиц, уполномоченных на это приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации.

При этом следует учитывать, что при необходимости распечатывания вторых экземпляров счетов-фактур, выставленных на бумажном носителе и подписанных УКЭП, достоверность УКЭП руководителя и главного бухгалтера (иных уполномоченных лиц) заверяется в установленном порядке руководителем организации.