В сентябре 2016 года компания обратилась в ИФНС с заявление о возврате переплаты. Инспекция отказала, сославшись на пропуск трехлетнего срока.

Налогоплательщик пояснил, что о наличии переплаты узнал в марте 2014 года, когда получил акт сверки расчетов. На протяжении 2011 – 2013 годов ИФНС по прежнему месту нахождения компании самостоятельно зачитывала переплату по налогу в счет погашения недоимки, но решения об этом не принимала, уведомления о зачете не направляла. Неопределенность в вопросе наличия переплаты устранена только после получения справки о состоянии расчетов и акта сверки.

Суд первой инстанции (дело № А32-38743/2016) отменил решение инспекции, согласившись с компанией.

Апелляция признала решение инспекции законным, разъяснив, что налогоплательщику при наличии обязанности по самостоятельному исчислению налога должно быть известно о наличии переплаты в момент уплаты налога, но в любом случае не позднее срока представления декларации.

Установлено, что последний платеж по НДС совершен в августе 2013 года, заявление о возврате налога подано в сентябре 2016 года, то есть за пределами трехлетнего срока со дня уплаты налога.

В решении кассации указано: «несообщение инспекцией обществу о переплате не влияет на течение срока давности, поскольку обязанность инспекции по возврату излишне уплаченного налога возникает в случае подачи налогоплательщиком соответствующего заявления в пределах трехлетнего срока с момента уплаты налога».

Кассация (Ф08-6365/2017 от 05.09.2017) оставила в силе решение апелляции, пояснив, что справки о расчетах с бюджетом не могут являться действиями по признанию долга и не прерывают течение трехлетнего срока на подачу заявления о возврате переплаты.